Некий научный Акселератор

Спин-офф аниме «Научный Рейлгун» фокусируется на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. Сюжет начинается с того, что Акселератор восстанавливается после потери значительной части своих способностей, которая произошла во время событий, связанных с девочкой по имени Последний Заказ. Его попытка вести спокойную жизнь прерывается, когда он вынужден вмешаться, чтобы спасти незнакомую девушку. У этой девушки оказывается фотография, на которой запечатлен юный клон Мисаки, что указывает на её связь с прошлыми инцидентами в городе.

Ситуация осложняется, когда выясняется, что за похищением девушки, Эстель Розенталь, стоит организация «Дисциплинарное Наказание». Эта группа считает эсперов злом и стремится их уничтожить, используя в качестве оружия тела умерших магов, помещенные в роботизированные скафандры. По мере того как организация начинает реализацию своих планов, угроза для Академии-Сити возрастает. Акселератор, несмотря на своё нежелание быть героем, оказывается в положении, где только он, как сильнейший эспер, может противостоять этой опасности.