Покемон: Мьюту наносит ответный удар

Ринтаро Окабэ, студент, который увлекается научными экспериментами в собственной лаборатории, случайно обнаруживает возможность отправки сообщений в прошлое. Это происходит во время его опытов с микроволновой печью и мобильным телефоном. Позже выясняется, что его друг, Итару Хасида, неосознанно создал систему, преобразующую электронные письма в данные, которые можно передать через временной континуум. В ходе экспериментов Окабэ становится свидетелем гибели молодой исследовательницы, Курисы Макисэ, что противоречит событиям в его текущей реальности, где она жива.

Окабэ вместе с группой помощников, включая Курису Макисэ и Маюри Сиину, начинает целенаправленное изучение временных парадоксов. Они разрабатывают устройство, способное переносить воспоминания человека в его прошлое. Эти действия привлекают внимание крупной организации СЕРН, которая также ведет исследования в области путешествий во времени. Конфликт возникает вокруг контроля над технологией, поскольку ее применение может привести к масштабным изменениям в мировой истории.